Milat’tan önceki yıllarda yaşayan insanlar büyü, fal gibi şeylere çok inanırlardı. Bu inançları onların yaşamlarını yönlendiren en büyük faktördü. Dinsel duyarlılıkları karışık ve değişikti. Kendilerince her yararlı ve güzel şeyin ayrı bir tanrısı olduğu var sayılırdı. Örneğin; Deniz Tanrısı Poseiden, aşk tanrısı Eros, Şarap Tanrısı Baküs “Dionysos”, Işık ve Güneş Tanrısı Apollon gibi. Bu inançtaki insanlar genel olarak Ege Denizi çevresinde yaşıyorlardı. O günkü koşullarda ticaret ve kültürde, sanatta bir hayli gelişmişlerdi. Ulaşım kolaylıkları gereği denize yakın yerlerde Truva, Bergama, Efes, Priyon, Milet gibi büyük şehirler kurmuşlardı. Didim’deki Apollon Mabedi de 20 km kuzeydeki Milet şehri ile diğer yöre halklarının geleceklerini öğrenme ve dertlerine çare bulma isteklerini karşılamak için yapılmıştır. Ionya’nın en büyük kenti Milet’in Didim’de kurduğu Apollon Tapınağına “DİDİYMEİON” denirdi. İlk çağ yazarları bu adın kaynağını tam olarak veremiyorlar. Ama “İkiz Tapınak, ya da İkizler Tapınağı anlamına gelen bu ad iki dorukta bir dağdan veya tanrı Apollon’un sevdiği ikizlerden gelmelidir.” diyenler var. Nitekim, o çağlarda, şimdi “Tek Ağaç” muhiti diye anılan yerde bulunan birbirine paralel iki Tepeye “Didymeion” denildiğini Fransız tarihçi Charles Texsier belirtiyor. Arkaik devre ait olan bu eski Apollon Mabedi bir çok hükümdar, hatta Lidya Kralı Krezüz tarafından ziyaret edilmişti. Perslerin M.Ö. V. Yüzyılda Anadolu’da yaptıkları saldırılar sonunda Dara “DARİUS” bu tapınağı şehriyle birlikte yıkmış ve içerisinde bulunan bronz Apollon heykelini bir çok esirle götürmüştü. Bu saldırı ve yıkımdan sonra yaklaşık 150 – 180 yıl harap ve terkedilmiş bir halde kalan mabed, Büyük İskender’in Pers’lere karşı zaferinden sonra bu gün gördüğümüz şekilde yeniden yapılmaya başlanmıştı.
Yapım işi çok büyük çapta tutulur. Mimar olarak Efes’te yanan Artemis Mabedi’ni yeniden yapan Panienie Mileti Dephnis görevlendirilir. Tapınak bitince dünyanın sekizinci harikası olacaktır. Yapım işi uzun yıllar sürer ve bu arada Milet’in hazinesini de bir hayli sarsar. Hatta mabedin inşaatında çalışan usta ve işçiler ücretlerini alamadıkları gerekçesiyle bir süre çalışmazlar. Bir anlamda tarihin ilk grevi gerçekleşir. Bu konu ile ilgili yazılı belgeler Milet’te son yıllarda yapılan kazılarda bulunmuştur. Bütün bu zorluklara rağmen mabedin yapımı M.S. II. Yüzyıl ortalarına kadar sürdürülmeye çalışılmıştır. Ama ne varki aradan geçen yüzyıllar içinde nesillerle birlikte inançlar da doğal olarak değişmiş, örneğin, İsa’nın ilan ettiği Hiristiyanlık dini Didim’deki halk tarafından da benimsenmişti. Dolayısıyla Tanrı Apollon unutulmuş ve onun adına yapımı sürdürülmeye çalışılan mabet de eski önemini yitirmişti. İnşaat Roma krallarının gayretlerine rağmen bitirilemeden yarım bırakılmıştır. Duvarlarının bir kısmına son işçiliğinin yapılması, bazı taşların traş edilmemesi, güneşli tarafta görülen yüksek tek sütunun yevsiz oluşu bunu belirtmektedir. Didim – Didyma Mabedi düzgün en uygun bir alan üzerine inşa edilmiştir. Temellerinde depreme karşı dayanıklı ızgara plan uygulanmış, çevresine 124 sütun konulması (çatıyı tutması için) düşünülmüştür. Sütunların yüksekliği 19,4 metredir.
Mabedin en ilgi çeken tarafı 1,45 metre eşik bulunan anıtsal kapısıdır. Sağında, solunda ve tabanın’da 7 şer metre uzunluğunda ve yaklaşık 60 ton ağırlığında tek parça mermer bloklarla çevrelenmiş bu dev eşik mimari bir zorunluluktan ötürü yapılmış değildir. Bunda o zamanki, dini görüşün oldukça rolü vardı. Çağın inanışına göre ibadete gelen halk mabedlerin içerisine giremezler, önündeki sunağın çevresinde toplanırlardı. Ancak Rahipler ve Apollon kültürü ile ilgili kahinler mabede girerlerdi.M.S. XV. Yüzyılın bitimine doğru meydana gelen bir deprem ve yangınlar mabedi çok büyük ölçüde tahrip etmiş ve yıkmıştır. Gezginler ve arkeoloklar uzun yıllar yıkıntı haliyle kalan bu yapı XVIII. Yüzyıldan sonra ilgilenmeye başlamışlardır. İlk defa Nevton ve C. Texier gibi gezginlerin yazılarında sözü edilen mabed üzerinde çalışmalara 1858 yılında İngilizler tarafından başlanılmıştır. 1872 yılında tapınakta Fransızlar, Thomas ve Rayet başkanlığında çalıştılar.Sistemli kazılar ancak 1904 de Berlin Müzesi adına Almanlar tarafından yapılmaya başlandı. Bu kazı devrin ünlü Arkeoloğu Prof. Theodar Wiegan başkanlığında 1913 yılına kadar devam etti.1924 – 1925 yıllarında Almanlar tapınakta yine çalıştılar ve buğünkü görüntüyü meydana çıkardılar. Bu kazının toplu sonuçları 1941 yılında HI Kneckfusa tarafından “Didyma” adlı bir kitapta yayımlandı. Son yıllarda ise Alman Arkeoloji Profösörü Dr. K. Tuchelt başkanlığında tapınakta yeniden çalışmalara başlanıldı. Nitekim bu çalışmalar sonunda varlığı bilinen “Mukaddes Yol”un kalıntıları gün ışığına çıkartılmıştır. Bu mukaddes yol tapınakla, bu günkü Mavişehir’in bulunduğu yerdeki Panormas limanı arasındadır. Dua ve bir takım istekleri için gelenler Panormos Limanında karaya inerler ve 4 km. çevresi aslan ve Branhid heykelleriyle süslü mermer “Mukaddes Yolu yürüyerek Tapınağa varırlardı.Son yıllarda Altınkum sahil yerleşiminin sınırlarını alabildiğince genişleterek sıkıştırdığı Didyma Apollon Tapınağı’nı ziyaret edenlerin, bir zamanlar ücra bir köşede kalmış bu yerin o zamanki güzelliğini tahayyül edebilmeleri neredeyse mümkün değildir. Son zamanlarda resmi makamlar tarafından “Eski Görkemiyle” yeniden ayağa kaldırılması talep edilen Apollon Tapınağı ve yakın çevresi, başka hiçbir yerle karşılaştırılamayacak kadar etkileyicidir. Çünkü başlangıçta Königlich Preussischen Museen zu Berlin adına Theodor Wiegand daha sonra Martin Schede ve 1972 yılından itibaren de uzun süre Klaus Tuchelt yönetiminde yapılan kazılarda, milattan önce 4 üncü yüzyılda öncüleri örnek alınarak başlanmış olan ve Büyük İskender tarafından da desteklenen, devasa mimarinin faniliğini gösteren yıkık durumdaki sütun tamburlarıyla bu tapınak dışında, Artemis Kutsal Alanı ve Kutsal Alanın ziyaretçileri için çeşitli yapılar araştırılmıştır. Bu bağlamda önemli ticaret merkezi Milet ile Didyma’yı Arkaik dönemden beri birleştiren kutsal cadde de araştırılmıştır. 26 kilometrelik bu tören yolu, büyük heykellerle donatılmış dinlenme durakları tarafından bölümlere ayrılıyordu ve imparatorluk döneminden beri en azından son kısmı özenli taş döşeliydi ve sütunlu galerileri vardı. Şimdiye kadar ancak bir kısmı bilinen bu kutsal alan, bir kent gibi programlı oluşturulmuş bir bütün olarak algılanmalıdır.
19. yüzyılın sonlarında tapınağın hemen yukarısında, genellikle tapınak malzemelerinin kullanıldığı ve yalnız terkedilmiş büyük kilisesi günümüze ulaşmış ve halkı Rumlardan oluşan bir köy vardı. Örenyerinin en yüksek noktası, böyle yerleşimler için karakteristik olan ve tapınağın devasa parçalarının yanında son derece narin duran bir yel değirmeni için en uygun yerdi.19.Yüzyıl boyunca İngiliz ve Fransız araştırmacılarının birkaç kez giriştikleri kazılara rağmen, daha önce kimsenin tasavvur edemediği bu devasa yapının boyutları ancak 1906 yılından sonra büyük teknik zorluklarla gerçekleştirilen kazılarla ortaya çıkmıştır. Ayrıca, 1979 yılında keşfedilen duvarların yüzeyine çizili ayrıntılı planların ortaya çıkması da büyük heyecan uyandırmıştır.2003 yılında Andreas Furtwangler yönetiminde başlayan çalışmalar, kutsal alanın erken dönemlerinin anlaşılmasına yönelik olup, aynı zamanda eserlerin ortaya çıkartılmasından hemen sonra onarım ve yeniden ayağa kaldırma çalışmaları sürdürülmektedir. Ayrıca var olan mimari parçaları korumak ve tapınağın etkileyici görünümünü muhafaza etmek için yangınlardan zarar gören mermer parçaların özenle onarılıp çok zaman gerektiren ince çalışmalarla emniyete alınması sürdürülmektedir.